PCR實驗室原則上分為4個單獨的工作區域，由擴增前區到擴增后區，且要嚴格分開。實驗材料、試劑、記錄筆、紙、清潔材料等，只能從擴增前區流向擴增后區，即從試劑制備區--樣品制備區---擴增區---擴增產物分析區，不得逆向流動。實驗室的氣流也應從擴增前區流動到擴增后區，不得逆向流動。各工作區域應設置緩沖間，工作間與緩沖間之間宜安裝聯鎖裝置。不同功能的核酸檢驗工作區應是分隔獨立的工作室，并有明顯的標志，各區間不能直通。各區之間如果是緊密相連，需安裝物品 傳遞窗。每個工作區域的頂部應安裝紫外燈，紫外燈的波長為254nm。

實驗室較為理想的布局模式為有一個專用走廊，試劑制備區，樣品制備區，擴增區和產物分析區很規范的排列在一起。內實驗室區域設為正壓或常壓狀態，緩沖間內設為負壓狀態，使這三個區的空氣流向由實驗區域內向外，緩沖間內通向內實驗室和走廊的門可安一種聯鎖裝置，當一個門打開時，另一門必須關閉狀態，防止出現兩個門同時打開的情況。

  1.試劑制備區主要是擴增試劑的配制，分裝盒保存。主要設備有天平、冰箱、離心機、加樣器、紫外燈。

2.樣品制備區主要是樣品的混樣和測試樣品的制備。主要設備有冰箱、生物安全柜、離心機、加樣器、振蕩器、恒溫水浴、上下水設備、廢棄物容器、紫外燈。根據制備樣品的性質和要求決定操作臺是用生物安全柜、凈化工作臺、還是排毒柜，如疾控中心、臨床醫學實驗室一般選用生物安全柜，植物轉基因、檢疫等可選排毒柜。

3.擴增區是pcr擴增反應體系的配制和模板的加入，核酸擴增。加樣應在生物安全柜（超凈工作臺）內進行，超凈工作臺的氣流方向宜選擇垂直式。核酸擴增設備為冰箱、生物安全柜、離心機加樣器、廢棄物容器、紫外燈。

4.擴增產物分析區是擴增產物的測定。若實驗僅采用全自動擴增檢測儀，可將 區與擴增產物分析區合并為一個區。本區所使用的儀器設備有酶標儀、洗板機、加樣器和水浴箱等。

各個區域之間應具備單向的實驗工藝流、物流、人流與氣流，形成單向流程的保護屏障，避免實驗室之間的相互干擾，防止核酸氣溶膠對實驗過程造成污染產生假性結果。PCR實驗室并沒有嚴格的凈化要求，但是為了避免各個實驗區域間交叉污染的可能性，宜采用全送排的氣流組織形式。

實驗室的墻體，包括頂棚，應結構牢固、氣密性好；所有陰角宜采用弧形線條過濾；墻體內壁光潔、不吸附、耐腐蝕、易清洗消毒；地面材料應滿足無縫隙、無滲漏、光潔、耐腐蝕的要求。地面建議使用PVC卷材地面或自流平地面，整體性好，便于進行清掃，耐腐蝕。

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